苏轼见到老友非常高兴，把酒南窗，亲切话旧，而沈括也“与轼论旧”，只谈友谊，不谈政治。为显示亲近，沈括还要求苏轼把他到杭州这几年所作诗文让自己拜读一下，苏轼正沉浸在友谊的醇醪中，便不假思索地答应了。当天晚上，沈括把苏轼的诗文重新抄录了一遍，把他认为是诽谤新政的诗句一一用朱笔加注，捕风捉影，上纲上线，然后带回京城，密呈给与苏轼有过节的御史台中丞李定。

　　此时，朝中新、旧党之间的斗争日趋激烈。新党四处寻隙，正在到处寻找打败旧党的理由，于是他们便决定通过指摘苏轼等人的文字之过为突破口，一举将旧党人物从朝中清除。恰在此时，苏轼由杭州改任湖州知州，在给朝廷的谢表中又有“愚不识时，难以追陪新进；老不生事，或能牧养小民”这样几句话，此言一出，又被抓住了把柄。

　　御史舒亶首先发难，上疏神宗，说苏轼诗中“词有讪怼”，继而监察御史何大正也上疏，指责苏轼的谢表是“谤讪讥骂”朝廷。因史、何二人的上疏并未引起宋神宗的重视，御史中丞李定便再上次疏说：“知湖州苏轼，本无学术，偶中异科。初腾沮毁之论，陛下犹置之不问。轼怙终不悔，狂悖之语日闻。轼读史传，非不知事君有礼，讪上有诛，而敢肆其愤心，公为诋訾；而又应试举时，即已有厌弊更法之意。及陛下修明政事，怨不用己，遂一切毁之，以为非是。伤教乱俗，莫甚于此。伏望断自天衷，特行典宪。”此奏虽没有罗列苏轼具体的罪状，只是指出苏轼的牢骚对社会所产生的危害，但却上升到了社会伦理制度的高度，目的是要置苏轼于死地。

　　之后，又有李宜之等人上疏附和李定，均指责苏轼“谤讪国政”。神宗皇帝见这么多人弹劾苏轼，便下诏令御史台立案审查，由李定负责审问。

　　元丰二年（1079年）七月，苏轼在湖州被捕，此时距他转任湖州知州仅三个月。苏轼被押解到汴京，关进御史台大牢，等待判决。因前途险恶，生死未卜，他一度相当悲观，与其子苏迈暗中约定：每天去监狱送饭，只送蔬菜和肉食，如果有死刑判决的坏消息就改送鱼，以便有个心理准备。一日，苏迈因到市上购粮，便将往狱中送饭之事委托给一位亲戚代劳，亲戚出于好心给苏轼做了一条美味的腌鱼。苏轼一见以为大期已到，便以极度悲伤之情。写下了两首绝命诗送给弟弟苏辙。

　　其一：“圣主如天万物春，小臣愚暗自亡身。百年未满先偿债，十口无归更累人。是处青山可藏骨，他年夜雨独伤神。与君今世为兄弟，更结来生未了因。”

　　其二：“柏台霜气夜凄凄，风动琅珰月向低。梦绕云山心似鹿，魂飞汤火命如鸡。额中犀角真君子，身后牛衣愧老妻。百岁神游定何处？桐乡应在浙江西。”

　　诗作完成后，狱吏不敢隐瞒，将诗篇呈交给神宗皇帝，人们纷纷为苏轼求情。丞相吴充问神宗：“曹操这个人怎么样？”神宗说：“猜忌心重。”吴充说：“陛下是当今尧舜，当然看不起曹操了。但他还能容忍祢衡这样的狂人，陛下难道还不能容忍苏轼吗？”罢相王安石也劝神宗说：“圣朝不宜诛名士。”神宗说：“这是苏轼自寻苦恼，我只是想挫挫他的锐气。”遂下令对苏轼从轻发落。

　　经过五个多月的漫长审讯，最后苏轼以“讥讽政事”罪被定谳，贬为黄州团练副使。苏轼入狱，沈括并不是主谋，但无可否认他是始作俑者，“其后李定、舒亶论轼诗置狱，实本于括”。

　　有人指出，沈括陷害苏东坡是因为嫉妒他的才高名重。实际上，他陷害苏东坡只是为了讨好王安石，确立自己在变法派中的位置。沈括进入政治漩涡以后，耳濡目染的都是一些厚黑的投机政客，在这个大酱缸中，保护自己的最好办法就是随波逐流或卖友求荣，而对像苏轼这样的不同政见者讲究温情，无疑就是对自己的残酷。又因为苏轼自恃名高才重，“与朝廷争胜”，比起那些没有名气的守旧派来说影响太大，所以朝中的变法派们就难以容忍了，不拿他开刀拿谁开刀？沈括只不过很好地把握住了变法派的风向。